新世紀エヴァンゲリオン 3

西暦2015年、14歳の少年・碇シンジは10年以上前に彼を捨てた父・碇ゲンドウに突然呼び出され、謎の生命体・使徒に襲撃される第3新東京市で、それを殲滅するエヴァンゲリオン（EVA）の初号機に乗り戦うよう命じられる。シンジは父を憎みながらも反発心から乗る決意をし、恐怖に耐えながら使徒に挑む。所属組織NERVの上司である葛城ミサトと同居することになったシンジは、ミサトに反発して家出するなど葛藤しながらもEVAパイロットを続け、ミサトや同級生の鈴原トウジ、相田ケンスケらと親しくなってゆく。同時に、シンジはもうひとりのパイロット・綾波レイと交流し、寡黙な彼女にとまどいながらも、共に困難な戦いを乗り越え心を通わせる。 その後、新たなパイロット惣流・アスカ・ラングレーが加わり、彼女もミサト宅に同居する。同時期にミサトの元恋人でNERV職員の加持リョウジが日本に帰還する。彼のスパイ活動を知り問い詰めるミサトに、加持はNERV本部内に極秘に隠された第1使徒・アダムの存在を教えるが、偶然その場にいたシンジもそれを知ってしまう。加持はシンジに、ゲンドウがゼーレという組織をバックに持ち、死海文書という予言書に従った計画を進めていると説明、シンジはEVAを作り出したのが自分の母・碇ユイであると知り、彼女が実験中に幼い自分の目の前で消滅したことを思い出す。後日、EVA3号機のパイロットにトウジが選ばれ、彼の乗る3号機が突然使徒に取りつかれる。対決するシンジがトウジを案じて闘いを拒絶したため、ゲンドウは実験中のダミーシステムを作動させて初号機を動かし、使徒殲滅と同時にトウジは死亡する。 シンジはゲンドウに憤り、パイロットを辞してNERVを離れようとするが、その矢先新たな使徒が襲来する。シンジは加持に説得され再び初号機に乗るが、使徒を捕食して覚醒した初号機に取り込まれ戻れなくなる。その間、ゼーレはゲンドウに不信を抱き、計画の切り札となる少年タブリスこと渚カヲルを目覚めさせ、NERVに新たなパイロットとして送り込む。シンジは初号機内で母ユイと対話する夢をみたあと、レイたちの祈りに応えるように機外の世界へと戻る。一方で加持はスパイ活動の狭間で危機に陥り、ミサトに機密データを託して殺害される。やがて使徒による精神汚染で正気を失い、寝たきりとなったアスカに代わり、カヲルが正式なNERVのパイロットとなる。 ある日使徒との対戦でレイは精神を侵蝕され、心に秘めたシンジへの独占欲に向き合わされ苦悩する。使徒の侵蝕はカヲルや助けに入ったシンジにまでおよび、レイは使徒を自身に封じ込めて自爆する。シンジはレイの死に苦悩し、軽くあしらうカヲルに激怒するが、自宅に帰ることも辛く感じて、カヲルの部屋に一時身を寄せる。一方、使徒を通じてシンジを思うレイの感情が流れ込んだカヲルは、人の抱く愛情に興味を惹かれ、シンジからの好意を求める。数日後、生き返ったレイが現れるが、彼女は一連の記憶を持たなかった。戸惑うシンジとミサトに対し、エヴァ開発の機密を知る赤木リツコは、レイと同じ姿であるが魂の無い、ダミーシステムの器となる人体の大群を見せ、今いるレイはスペアであるその一体に魂を宿らせたものだと告げ、ゲンドウの裏切りにあった苦悩からそれらを壊す。やがてカヲルはゼーレの命令により、使徒としての正体を現しNERV本部を襲撃するが、そこに隠されているのが実はアダムではなくリリスであるために目的を果たせないと知る。カヲルはシンジの手で殺されることを望み、受け入れたシンジは初号機の手で彼を殺す。度重なる苦悩にシンジが戦うことへの疑問を抱き気力を失う中、ゼーレはついに補完計画を実行すべくNERVの権限を破棄し、本部を襲撃させる。