武内崇によると、元々は『Fate/EXTRA』と同時期に、『三国志大戦』のような色々な英雄を複数の作家に描いてもらうところからスタートしたものの、諸般の事情で頓挫してしまったオンラインゲームの企画を小説作品としてリメイクしたものである。オンラインゲーム時の一部のキャラクター設定やインタビュー記事などは『Fate/complete material IV Extra material』に収録されており、東出、近衛、真田はいずれもその時からキャラクター設定を寄稿している。「アポクリファ」の名の通り、外典という形容詞がしばしば用いられている。
TYPE-MOONエース VOL.7にて、新作シリーズとして第1話(ACT1)が発表された。この短編は結局シリーズ化はせず、本編とは一部設定が異なり、舞台は新宿。冬木の聖杯戦争は継続されており、時系列的には『Fate/Zero』で描かれた第四次聖杯戦争より後とされていた。
2012年12月31日、TYPE-MOON BOOKSのオリジナルレーベル「TYPE-MOON BOOKS」から単行本第1巻が発刊。同年冬開催のコミックマーケット83では先行販売されている。当初は全4巻を予定していたが制作の過程で1冊増えることとなり、2014年12月30日に発売された第5巻で最終巻となった。
2019年から2020年にかけて角川文庫より文庫版が刊行された。